1. 粉尘燃爆

有的替代燃料为粉状，如热解炭黑等。与煤粉类似具有燃爆特性，储存使用过程中应参照煤粉使用安全措施预防。

有的替代燃料粉尘为飘絮状，如废纺。水泥行业现有的布袋除尘很难对该类有机、轻质粉尘进行捕捉，脉冲反吹风清洗布袋时，这类灰尘又会漂浮于烟气中，燃爆风险较大。因此，此类替代燃料加工、输送过程中使用的收尘设施建议单独设立并采用纺织行业的收尘技术装备路线。

2.自燃

替代燃料在堆积存储过程中，若存储不当会导致热量积聚发生自燃，国内不少企业都出现过该问题。替代燃料存储设施应远离危险区域，安装红外温度监控设施并配套合理的消防应急措施。

3.有毒有害物质

替代燃料来源较杂，在密闭空间存储时有可能会产生有毒有害气体，另外其中有可能混杂其他有毒有害物质。必要时需安装气体实时监测系统，并注意入场人员的防护。

4.异味

一些替代燃料在存储过程中会散发异味，对职工健康及周边环境有不利影响。储库需安装换气设施及停窑应急除臭设施。

5.入窑回火

替代燃料在入窑使用过程中，有发生回火燃烧的风险，可能对输送、预处理等生产设施造成损害。入窑环节需有回火阻断措施及应急消防设施。

6.设备风险

替代燃料的预处理加工环节较为复杂，设备众多，设备设施需有充足的安全防护设施，工人应加强安全操作培训。